外泌体数据库,这些你都用过吗?

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1983年,外泌体被人类发现,当时被认为是是细胞废弃物而未受关注,2013年,诺贝尔生理学或医学奖授予了在细胞内囊泡(外泌体)运输调控机制领域作出重要贡献的三位科学家,将外泌体相关研究的热度推向高潮。由于在临床上的巨大应用价值,近几年外泌体成为科研热点,相关论文发表数量呈爆炸式增长,2017年外泌体相关SCI论文多大2000篇,2018年仅上半年相关SCI论文就达到近1500篇。


过去四年来,国自然项目中,外泌体的中标项目飙升,成为国自然“宠儿”,今天为就来介绍几个个查询检索外泌体内容物的数据库,下面这些你都用过吗?


exoRBase

数据库网址:http://www.exoRBase.org



人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存储库,还包括已发表文献的实验验证。exoRBase对标准化RNA-seq数据的RNA表达谱进行了整合和可视化,数据涵盖了正常个体和不同疾病患者。exoRBase数据库收集和描述人类血液外泌体中所有长的RNA,目前包含58330个circRNA15501个LncRNA18333个mRNA,提供了注释、表达水平和可能的来源组织,数据库将定期更新,提供更多的外泌体RNA信息。


EVpedia


数据库网址:http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/




EVpedia数据库是由韩国项浦大学举办,2012年1月27日发布,共包含高通量研究168例,高通量数据263个,分子数据172080个,文献6879篇,主要调查中3336人;汇总了不同囊泡研究(包括外泌体)中发现的蛋白,mRNA,miRNA,脂类,代谢产物;除此之外,其还提供一款分析工具,可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析,同时,胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。 


Vesiclepedia


数据库网址:http://microvesicles.org/index.html



Vesiclepedia,一个胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索工具库,目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个独立研究的35264个蛋白,18718个mRNA,1772个miRNA、342个脂质条目,还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索,最新更新时间为2015年1月1日。


ExoCarta


数据库网址:http://exocarta.org/index.html



ExoCarta是一个开放的平台,主要关于外泌体蛋白、RNA、脂质体的手工数据库,收录了包括人、大鼠、小鼠、绵羊、豚鼠、果蝇、马、穴兔、牛、在内的几个物种的286个研究结果;涉及到不同组织器官来源的外泌体中的蛋白,mRNA,miRNA,脂类等信息,该数据库已经被超过16000名独立研究人员使用,最新更新时间为2016年09月12日。


Vesiclepedia收录其它囊泡的信息相比,ExoCarta数据库只收录了外泌体中的分子信息,不过也有一些独特的信息,比如lncRNA:


1、外泌体分离方法哪种好?

2、如何收集和保存外泌体样本?

3、外泌体生物标志物研究进展

4、单克隆抗体制备中的饲养细胞

5、Pull down实验与免疫共沉淀

6、免疫沉淀及衍生实验的注意事项与疑难问题

7、各种蛋白质纯化方法,快速掌握!



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